土はぬかるみ、氷で覆われた大地から有象無象が目覚める。
幻想郷を覆った僅かな雪は、この冬目覚めた地霊達を封じ込め、さらに妖精達の動きを鈍らせるのに十分だった。その穏やかな眠りの季節も終わりを告げようとしている。

博麗神社。人里離れた辺境の地に建つ神社である。
博麗神社の巫女、博麗霊夢は森に住む魔法使いから不思議な噂を耳にした。その噂とは、雲の切れ目に不思議な船が空を飛んでいるのが目撃されている、と言うことだった。その船は何かを探すかのように雲の間を回遊しているらしい。

一体、その船の正体は何なのか。目的は何なのか。
霊夢達の興味は尽きなかった。何となくお宝の匂いがしたので。（東方星蓮船あらすじ引用）