平行世界1940年代、海中からの奇襲的侵攻でブリタニア帝国とアメリゴ・ヴェスプッチ共和国は深海棲勢力に支配された。
緒戦の攻撃を免れ地上人類側に残った世界第三の海軍国ヤポネシアはこれらの国々と洋上覇権を争う。

ヤポネシア帝国は一方でユーラシア大陸東岸を侵略し国際社会から孤立しており、資源の供給が滞るなど弱点を抱えている。

戦いは数年に及び、零式水偵妖精（初代）は艦上戦闘機に転換、敵の新型艦戦とサーモン海上空で激闘を繰り広げる･･･